Młody ksiądz bardzo szybko zorientował się, kto jest kim w Watykanie. Stał się najważniejszą osobą po papieżu - to on decydował, kogo i kiedy przyjmie Jan Paweł II. Wszyscy myśleli, że po śmierci Jana Pawła II abp Dziwisz zostanie w Rzymie i będzie wysokim urzędnikiem watykańskim, np. sekretarzem stanu. Stało się inaczej - papież zdecydował o jego powrocie do Krakowa.

3 czerwca 2005 roku został przyjął z rąk Benedykta XVI nominację na Arcybiskupa Metropolitę Krakowskiego.

Nie raz zaskakiwał swoimi decyzjami. Po tym jak zgodził się na pochówek Lecha i Marii Kaczyńskich na Wawelu, co wieczór słyszał krzyki protestujących pod oknem.

Oczkiem w głowie ówczesnego arcybiskupa stał się plan budowy Centrum im. Jana Pawła II w Łagiewnikach, którego był inicjatorem.

1 maja 2007 Stanisław Dziwisz, metropolita krakowski poświęcił krzyż na terenie budowy. Budowa została oficjalnie zainaugurowana 11 października 2008.

12 czerwca 2011 do dolnej kaplicy Sanktuarium Jana Pawła II została wprowadzona relikwia Jana Pawła II: ampułka z krwią, umieszczona w mensie ołtarzowej