W okresie saskim księstwem rządziło pięciu książąt z rodu Wettinów, z których ostatni, książę Maurycy (Moritz), w 1549 wymienił Żagań za terytoria czeskie, przekazując go królowi Ferdynandowi Habsburgowi.

W 1627 cesarz Austrii Ferdynand II Habsburg sprzedał księstwo dowódcy swoich wojsk Albrechtowi Wallensteinowi. Za jego rządów miasto bardzo się rozwinęło. Albrecht Wallenstein sprowadził do miasta wielkiego uczonego, astronoma Jana Keplera, który prowadził w Żaganiu obserwacje astronomiczne i meteorologiczne. Dzięki jego zabiegom uruchomiono pierwszą drukarnię w mieście (1629), a także rozpoczęto przebudowę średniowiecznego zamku na barokowy pałac.

Z inicjatywy Wallensteina rozpoczęła się budowa rezydencji obronno-reprezentacyjnej (palazzo in fortezza ), którą zaprojektował Wincenty Boccaccio. Jego projektem była wielka, czteroskrzydłowa budowla z trzema cylindrycznymi bastejami w narożach, otoczona fosą. W planie nawiązywała do gotyckiego zamku, a formą architektoniczną prezentowała renesansowy typ rezydencji obronnej z XVI wieku.

W 1785 księstwo przeszło w posiadanie Piotra Birona, księcia kurlandzkiego. W latach 1842–1862 za czasów panowania księżnej Doroty de Talleyrand-Périgord, najmłodszej córki Birona, Żagań stał się ważnym ośrodkiem życia kulturalnego i politycznego o znaczeniu ponadregionalnym. W mieście przebywały wówczas takie sławy jak Ferenc Liszt, Božena Němcová czy Honoré de Balzac.