W środku zachował się wschodnia ściana z bramą Aron Ha-Kodesh („święta arka”). W synagodze to zwykle szafa ołtarzowa w postaci ozdobnej drewnianej skrzynki służąca do przechowywania zwojów Tory.

Aron Ha-Kodesh („święta arka”) jest także jednym z najważniejszych elementów wyposażenia głównej sali modlitwy, stojącym na osi ściany skierowanej w stronę Jerozolimy czyli na ścianie wschodniej.

Synagoga została zbudowana w latach 1825-1827, na miejscu starej synagogi, która spłonęła 18 kwietnia 1824 roku. Budynek stanął w roku rozpoczęcia budowy, zaś samo wykończenie trwało następne dwa lata. Architektura nowo wybudowanej synagogi nawiązywała do typowych ortodoksyjnych bożnic.

Międzyrzeckie muzeum ma w planach utworzenie jedynego w zachodniej Polsce - muzeum judaistycznego. Byłoby ono uzupełnieniem historii polsko-niemieckiego pogranicza, w którym także wątek żydowski odgrywał niebagatelną role.